Gurdon Institute Xenopus tropicalis EST Database
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+ Application in use by Guest User - 18 May 2013 - database INFO-PUBLIC =
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By Clone or Sequence Name
Enter clone name to retrieve cluster
clone or transcript name . (Qiagen Xt oligo IDs are also recognised)
which clone end? . 5' 3' cDNA
font size for cluster .
Set frame . 1 2 3 auto find
Manage display
switch off ... . expression profile related clusters menus
activate ... . blast hits
Data may take 10 - 20 seconds to download, please be patient
.
.
=

.


Estimated expression levels relative to total library clones.
(detailed explanation)

0.001% 0.001%
Stage specific expression levels Tissue specific expression levels
stage 1 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60tissue Bod Bone Brn Eye Fat Hrt Int Kid Liv Lun Mus Ova Ovi Panc Ski Spl Sto Te Thy 
 Related Clusters

         CS%  VC Transcript                               Size Type    Links    % In    % Out     Identified Blast Description.
     1  2.00    0Xt7.1-CABE4849.5                            6 END     2          40       33                F-box and leucine-rich repeat protein 18 [Mus musculus]

 This cluster: approximate FL confidence score = 87%

 1012088161 Xt7.1-CAAJ23244.5 - 5 ESTs
                                                                       ....-60.......-50.......-40.......-30.......-20.......-10.......0.........10........20........30........40........50........60........70........80........90........100.......110.......120.......130.......140.......150.......160.......170.......180.......190.......200.......210.......220.......230.......240.......250.......260.......270.......280.......290.......300.......310.......320.......330.......340.......350.......360.......370.......380.......390.......400.......410.......420.......430.......440.......450.......460.......470.......480.......490.......500.......510.......520.......530.......540.......550.......560.......570.......580.......590.......600.......610.......620.......630.......640.......650.......660.......670.......680.......690.......700.......710.......720.......730.......740.......750.......760.......770.......780.......790.......800.......810.......820.......830.......840.......850.......860.......870.......880.......890.......900.......910.......920.......930.......940.......950.......960.......970.......980.......990.......1000......1010......1020......1030......1040......1050......1060......1070......1080......1090......1100......1110......1120......1130......1140......1150......1160......1170......1180......1190......1200......1210......1220......1230.....
 ?   ?   ?    ?    ?     ?    ?   ? 
                                                     Xt7.1-CAAJ23244.5                                                                 CTGGACAGCGGGACAGTGTAGGTTTGGAATGACACTCCAGGTCTCTACAATATGAACCCCATTGAGTTATCTGATGAAATCTTGCTGCATATATTAAGCTATGTCCCAAGCACAGACCTTATCCTTAATGTTAAAAGAACTTGCCATAAATTGGCAGGCCTGTGCCTTGACAAGAGCCTCATCCAAAAGGTTATCTTGCACAAAGAATACCAGGCCAGTGACAATCAAGTAAAGCAGTTGCTCCGAGAAGCTGGGAAGGAGATTCGTGAGCTGGATATGAGTGGATGCTACTGGCTGTCCTCTTCCACTGTGGACCTGATAGCACAGTGCAAAAGATTGGTGCGCTTAGACCTCTCTGGCTGCCCTTTAACTTCCTTGCGTCTTTCCAAGCTGCTGACAGACCTTCACCAACTGTGTTCTCTTTCTATTGATATTGGTGCAGGCTTTGACTCTGGTCAGCTGACTACAGAGTGCAAAGCCACCCTAAGGCATGTACGGGAGTTAAAACAAACACTGTTTGCTCCATCTTATGGAGTAGTTCCATGCTGCATTAATCTTGAAAAACTGTTGCTCTACTTTGAAGTGTTAGATAGAACACGTGAGGGGACTGTAATGTCTGGGCAGTTAATGGTAGGAGAAAGCAAAATCCCTCACTATCAAAATCTGCGACTCTTTTATGCCCGCCTGGCTCCTGGCTATATCAACGAAGAGGTGGTAAGACTGTACCTTACTGTTCTTACAGATCGAACTCCAGAGAACCTCAGGGCCTTTCTCATCTCCGTTCCAGGTAGCCTAGCTGAAAGCAGTGCCAGCAAAAACCTTCTGGACTCTATGGCAAAAAATGTATCGTTGGAGGCCTTCCAGCTGCCCAAATCTTGGCTAAGTGGATCATCTTTGCTT
                                                  Xt7.1-CHK-1008242383                                                                       AGCGGGACAGTGTAGGTTTGGAATGACACTCCAGGTCTCTACAATATGAACCCCATTGAGTTATCTGATGAAATCTTGCTGCATATATTAAGCTATGTCCCAAGCACAGACCTTATCCTTAATGTTAAAAGAACTTGCCATAAATTGGCAGGCCTGTGCCTTGACAAGAGCCTCATCCAAAAGGTTATCTTGCACAAAGAATACCAGGCCAGTGACAATCAAGTAAAGCAGTTGCTCCGAGAAGCTGGGAAGGAGATTCGTGAGCTGGATATGAGTGGATGCTACTGGCTGTCCTCTTCCACTGTGGACCTGATAGCACAGTGCAAAAGATTGGTGCGCTTAGACCTCTCTGGCTGCCCTTTAACTTCCTTGCGTCTTTCCAAGCTGCTGACAGACCTTCACCAACTGTGTTCTCTTTCTATTGATATTGGTGCAGGCTTTGACTCTGGTCAGCTGACTACAGAGTGCAAAGCCACCCTAAGGCATGTACGGGAGTTAAAACAAACACTGTTTGCTCCATCTTATGGAGTAGTTCCATGCTGCATTAATCTTGAAAAACTGTTGCTCTACTTTGAAGTGTTAGATAGAACACGTGAGGGGACTGTAATGTCTGGGCAGTTAATGGTAGGAGAAAGCAAAATCCCTCACTATCAAAATCTGCGACTCTTTTATGCCCGCCTGGCTCCTGGCTATATCAACGAAGAGGTGGTAAGACTGTACCTTACTGTTCTTACAGATCGAACTCCAGAGAACCTCAGGGCCTTTCTCATCTCCGTTCCAGGTAGCCTAGCTGAAAGCAGTGCCAGCAAAAACCTTCTGGACTCTATGGCAAAAAATGTATCGTTGGAGGCCTTCCAGCTGCCCAAATCTTGGCTAAGTGGATCATCT
                                                      consensus depths                                                                      2     2     2     2     2     2     2     2     2     2     2     2     2     2     2     2     2     2     3     3     3     3     3     3     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     5     5     5     5     5     5     5     5     5     5     5     5     5     5     5     5     5     5     5     5     5     5     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     4     3     4     3     3     3     3     3     3     2     2     2     2     2     2     2     2     2     2
                                               BLH MIN      39      44                                                                 
                                               BLH OVR      51      46                                                                 
                                               ORF LNG      51      12                                                                 
                                                                                                                                 PREDICTED - Dr ---- 9e-077     NP_001025416.1 hypothetical protein LOC570298 [Danio rerio] ============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                 PROTEIN --- Gg ---- 1e-115     NP_001012804.1 similar to F-box and leucine-rich repeat protein 18 [Gallus gallus] ========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                                                                PROTEIN --- Mm ---- 1e-116     NP_001028484.1 F-box and leucine-rich repeat protein 18 [Mus musculus] =====================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                                                                               PROTEIN --- Hs ---- 2e-118     NP_079239.2 F-box and leucine-rich repeat protein 18 [Homo sapiens] =========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
                                                     Xt7.1-CAAJ23244.5                                                                                   TAG------------------------------ATG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG------------ATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATG
                                                                   ORF                                                                                                                    [ open reading frame                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ...
  0   1   1           BrSp FLt3                 EC2BBA25CB05.FL-Pollet   GAGAGGAGATTTGCTGGATGAGCCCGGAAGGTGCCGAGGAGCTTGGCATTTAAACAGCTATCCTGGACAGCGGGACAGTGTAGGTTTGGAATGACACTCCAGGTCTCTACAATATGAACCCCATTGAGTTATCTGATGAAATCTTGCTGCATATATTAAGCTATGTCCCAAGCACAGACCTTATCCTTAATGTTAAAAGAACTTGCCATAAATTGGCAGGCCTGTGCCTTGACAAGAGCCTCATCCAAAAGGTTATCTTGCACAAAGAATACCAGGCCAGTGACAATCAAGTAAAGCAGTTGCTCCGAGAAGCTGGGAAGGAGATTCGTGAGCTGGATATGAGTGGATGCTACTGGCTGTCCTCTTCCACTGTGGACCTGATAGCACAGTGCAAAAGATTGGTGCGCTTAGACCTCTCTGGCTGCCCTTTAACTTCCTTGCGTCTTTCCAAGCTGCTGACAGACCTTCACCAACTGTGTTCTCTTTCTATTGATATTGGTGCAGGCTTTGACTCTGGTCAGCTGACTACAGAGTGCAAAGCCACCCTAAGGCATGTACGGGAGTTAAAACAAACACTGTTTGCTCCATCTTATGGAGTAGTTCCATGCTGCATTAATCTTGAAAAACTGTTGCTCTACTTTGAAGTGTTAGATAGAACACGTGAGGGGACTGTAATGTCTGGGCAGTTAATGGTAGGAGAAAGCAAAATCCCTCACTATCAAAATCTGCGACTCTTTTATGCCCGCCTGGCTCCTGGCTATATCAACGAAGAGGTGGTAAGACTGTACCTTACTGTTCTTACAGATCGAACTCCAGAGAACCTCAGGGCCTTTCTCATCTCCGTTCCAGGTAGCCTAGctaAAGCAGTGCCagcaAAAacctttcggattcc
  5   1   2       bld BrSp FLt3 in                     EC2BBA25CB05.g1 GGGAGAGGAGATTTGCTGGATGAGCCCGGAAGGTGCCGAGGAGCTTGGCATTTAAACAGCTATCCTGGACAGCGGGACAGTGTAGGTTTGGAATGACACTCCAGGTCTCTACAATATGAACCCCATTGAGTTATCTGATGAAATCTTGCTGCATATATTAAGCTATGTCCCAAGCACAGACCTTATCCTTAATGTTAAAAGAACTTGCCATAAATTGGCAGGCCTGTGCCTTGACAAGAGCCTCATCCAAAAGGTTATCTTGCACAAAGAATACCAGGCCAGTGACAATCAAGTAAAGCAGTTGCTCCGAGAAGCTGGGAAGGAGATTCGTGAGCTGGATATGAGTGGATGCTACTGGCTGTCCTCTTCCACTGTGGACCTGATAGCACAGTGCAAAAGATTGGTGCGCTTAGACCTCTCTGGCTGCCCTTTAACTTCCTTGCGTCTTTCCAAGCTGCTGACAGACCTTCACCAACTGTGTTCTCTTTCTATTGATATTGGTGCAGGCTTTGACTCTGGTCAGCTGACTACAGAGTGCAAAGCCACCCTAAGGCATGTACGGGAGTTAAAACAAACACTGTTTGCTCCATCTTATGGAGTAGTTCCATGCT
  5   1   2       bld Brn2 5x3  out                       CAAJ23244.5p                                                                 CTGGACAGCGGGACAGTGTAGGTTTGGAATGACACTCCAGGTCTCTACAATATGAACCCCATTGAGTTATCTGATGAAATCTTGCTGCATATATTAAGCTATGTCCCAAGCACAGACCTTATCCTTAATGTTAAAAGAACTTGCCATAAATTGGCAGGCCTGTGCCTTGACAAGAGCCTCATCCAAAAGGTTATCTTGCACAAAGAATACCAGGCCAGTGACAATCAAGTAAAGCAGTTGCTCCGAGAAGCTGGGAAGGAGATTCGTGAGCTGGATATGAGTGGATGCTACTGGCTGTCCTCTTCCACTGTGGACCTGATAGCACAGTGCAAAAGATTGGTGCGCTTAGACCTCTCTGGCTGCCCTTTAACTTCCTTGCGTCTTTCCAAGCTGCTGACAGACCTTCACCAACTGTGTTCTCTTTCTATTGATATTGGTGCAGGCTTTGACTCTGGTCAGCTGACTACAGAGTGCAAAGCCACCCTAAGGCATGTACGGGAGTTAAAACAAACACTGTTTGCTCCATCTTATGGAGTAGTTCCATGCTGCATTAATCTTGAAAAACTGTTGCTCTACTTTGAAGTGTTAGATAGAACACGTGAGGGGACTGTAATGTCTGGGCAGTTAATGGTAGGAGAAAGCAAAATCCCTCACTATCAAAATCTGCGACTCTTTTATGCCCGCCTGGCTCCTGGCTATATCAACGAAGAGGTGGTAAGACTGTACCTTACTGTTCTTACAGATCGAACTCCAGAGAACCTCAGGGCCTTTCTCATCTCCGTTCCAGGTAGCCTAGCTGAAAGCAGTGCCAGCAAAAACCTTCTGGACTCTATGGCAAAAATGTATC
  5   1   2      seed Brn3      out                       CAAK10600.5p                                                                                                                                                                     ATGTCCCAAGCACAGACCTTATCCTTAATGTTAAAAGAACTTGCCATAAATTGGCAGGCCTGTGCCTTGACAAGAGCCTCATCCAAAAGGTTATCTTGCACAAAGAATACCAGGCCAGTGACAATCAAGTAAAGCAGTTGCTCCGAGAAGCTGGGAAGGAGATTCGTGAGCTGGATATGAGTGGATGCTACTGGCTGTCCTCTTCCACTGTGGACCTGATAGCACAGTGCAAAAGATTGGTGCGCTTAGACCTCTCTGGCTGCCCTTTAACTTCCTTGCGTCTTTCCAAGCTGCTGACAGACCTTCACCAACTGTGTTCTCTTTCTATTGATATTGGTGCAGGCTTTGACTCTGGTCAGCTGACTACAGAGTGCAAAGCCACCCTAAGGCATGTACGGGAGTTAAAACAAACACTGTTTGCTCCATCTTATGGAGTAGTTCCATGCTGCATTAATCTTGAAAAACTGTTGCTCTACTTTGAAGTGTTAGATAGAACACGTGAGGGGACTGTAATGTCTGGGCAGTTAATGGTAGGAGAAAGCAAAATCCCTCACTATCAAAATCTGCGACTCTTTTATGCCCGCCTGGCTCCTGGCTATATCAACGAAGAGGTGGTAAGACTGTACCTTACTGTTCTTACAGATCGAACTCCAGAGAACCTCAGGGCCTTTCTCATCTCCGTTCCAGGTAGCCTAGCTGAAAGCAGTGCCAGCAAAAACCTTCTGGACTCTATGGCAAAAAATGTATCGTTGGAGGCCTTCCAGCTGCCCAAATCTTGGCTAAGTGGATCATCTTTGCTTC
  3   1   2       bld BrSp FLt3 in                     EC2BBA25CB05.b1                                                                                                                                                                                                            CTTGCCATAAATTGGCAGGCCTGTGCCTTGACAAGAGCCTCATCCAAAAGGTTATCTTGCACAAAGAATACCAGGCCAGTGACAATCAAGTAAAGCAGTTGCTCCGAGAAGCTGGGAAGGAGATTCGTGAGCTGGATATGAGTGGATGCTACTGGCTGTCCTCTTCCACTGTGGACCTGATAGCACAGTGCAAAAGATTGGTGCGCTTAGACCTCTCTGGCTGCCCTTTAACTTCCTTGCGTCTTTCCAAGCTGCTGACAGACCTTCACCAACTGTGTTCTCTTTCTATTGATATTGGTGCAGGCTTTGACTCTGGTCAGCTGACTACAGAGTGCAAAGCCACCCTAAGGCATGTACGGGAGTTAAAACAAACACTGTTTGCTCCATCTTATGGAGTAGTTCCATGCTGCATTAATCTTGAAAAACTGTTGCTCTACTTTGAAGTGTTAGATAGAACACGTGAGGGGACTGTAATGTCTGGGCAGTTAATGGTAGGAGAAAGCAAAATCCCTCACTATCAAAATCTGCGACTCTTTTATGCCCGCCTGGCTCCTGGCTATATCAACGAAGAGGTGGTAAGACTGTACCTTACTGTTCTTACAGATCGAACTCCAGAGAACCTCAGGGCCTTTCTCATCTCCGTTCCAGGTAGCCTAGCTAAAGCAGTGCCAGCAAA
  5   1   2       bld Gas7      out                        XZG42525.5p                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CACCAACTGTGTTCTCTTTCTATTGATATTGGTGCAGGCTTTGACTCTGGTCAGCTGACTACAGAGTGCAAAGCCACCCTAAGGCATGTACGGGAGTTAAAACAAACACTGTTTGCTCCATCTTATGGAGTAGTTCCATGCTGCATTAATCTTGAAAAACTGTTGCTCTACTTTGAAGTGTTAGATAGAACACGTGAGGGGACTGTAATGTCTGGGCAGTTAATGGTAGGAGAAAGCAAAATCCCTCACTATCAAAATCTGCGACTCTTTTATGCCCGCCTGGCTCCTGGCTATATCAACGAAGAGGTGGTAAGACTGTACCTTACTGTTCTTACAGATCGAACTCCAGAGAACCTCAGGGCCTTTCTCATCTCCGTTCCAGGTAGCCTAGCTGAAAGCAGTGCCAGCAAAAACCTTCTGGACTCTATGGCAAAAAATGTATCGTTGGAGGCCTTCCAGCTGCCCAAATCTTGGCTAAGTGGATCATCTTTGCTTCAGAACTTGAAGTTTAGTTCCCCATTTTACCTCAGCTTTAGTCGCAGTATGATTTCCGGAGGACAGCTCACCCAGTGGGTTATAAATGGACACATGGACTGTAGAAGTCTAGTTAGTCTAAATTTAAGAGGTTGTCCCTTCAGTTTGAACTCCGATTTGCCTTTTAGGAAAACAGTGGAAGATATAGATTGCAACATTCTGGAAACCCTTGTCACTGCCTGCCCCAATCTTGCACACTTAAACTTGTCCTATGCTCACCATCACAGCTCAGAGAGTGCTACTAGACATCTTTGTGACATTCTTGCTCAGCTGAAACACTTGCGGTCTTTATCTCTCCCA
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